1956年6月，长沙市城东区人民检察院成立，办公地点设在长沙市城东去马王街36号，编制5人。1959年撤销机构，各项业务上收长沙市人民检察院办理。1979年7月9日，长沙市城东区人民检察院恢复重建，11月1日恢复正常办公，办公地点设东区革委会，在编人员12人。1980年12月1日更名为长沙市东区人民检察院。1996年7月19日更名为长沙市芙蓉区人民检察院。1999年5月，办公地点迁至芙蓉区恒达路87号。现有内设机构8个，即政治部（司法警察大队）、办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部。
